Firma Atlassian postanowiła podzielić wersje JIRA 4 w zależności od zawartości oraz sposobu instalacji.

Do dyspozycji są wersje:

• JIRA - wersja instalowana u klienta
• JIRA plus GreenHopper - wersja instalowana u klienta
• JIRA Hosted - JIRA hostowana przez Atlassian
• JIRA Studio - JIRA, Confluence, FishEye, Crucible hostowany przez Atlassian

	JIRA	JIRA plus GreenHopper	JIRA Hosted	JIRA Studio
Śledzenie zadań
Zarządzanie projektami
Tablice użytkowników
Workflows
Zaawansowane wyszukiwanie
Wtyczki
Zarządzanie projektami Agile z GreenHopperem
System wiki z Confluence
Kod źródłowy z SVN oraz FishEye
Śledzenie kodu z Crucible

Większość klientów wybiera pierwsze dwie wresje. Mają one największe możliwości konfiguracyjne zarówno jeśli chodzi o platformę systemową jak i sprzętową używaną do ich działania.

Wersje hostowane przez Atlassian są polecane firmom, które nie chcą zaprzątać sobie głowy sprawami związanymi z utrzymywaniem serwerów, na których działa system JIRA. Wystarczy zakupić licencję i produkt jest gotowy do użycia.